昭通市中医医院始建于1981年，系云南中医药大学附属医院，国家级中医住院医师规范化培训基地、省级中医药文化宣传教育基地、省级老年友善医院，同时也是国家标准化心脏康复中心、昭通市危重孕产妇救治中心、职业病检查诊断中心以及健康体检、护理、药事、中药饮片、针灸、推拿、皮肤病质控中心，集医疗、科研、教学、预防、保健、康复于一体的三级甲等中医医院。
医院现有团结路总院、南顺城分院、团结路分院、望海门诊、康复医院5个院区，编制床位1300张，开设临床科室42个、医技科室11个。
医院现有职工1570余人，其中正高级职称54人、副高级职称101人，硕导9人、硕士研究生129人，有云南省名中医2人，全国第七批名老中医药学术继承指导老师1人、第五批中医药师带徒指导老师4人。现建有全国名老中医工作站及名医工作室7个、省级名中医工作室2个。
医院高度重视研究生教育工作，先后成立昭通市中医医院硕士研究生培养领导组，制定管理实施细则，明确导师是研究生培养的第一责任人。不断强化医学教育培养、构建经典理论、强化创新过程，着力培养研究生的知识获取能力、学术鉴别能力、独立研究能力和解决实际问题能力。现已培养专硕研究生7名，其中2名已毕业和就业。
我院自2012年成为云南中医药大学附属医院，不断完善的临床教学工作制度和管理体系、持续加强师资队伍建设和教学投入。现有云南中医药大学兼职教师181名和临床带教老师660名，建有临床技能培训中心和电子图书馆，设施设备齐全，能有效满足学习需求。2023年被选为云南中医药大学临床实践教学基地联盟副理事长单位、云南新医科教育联盟理事单位；是昆明医科大学、滇西应用技术大学等省内外20余家医学院校的实习基地。近三年来，我院累计共完成云南中医药大学及北京中医药大学、昆明医科大学、昭通卫生职业学院等各医学院校实习生1900余名。
现有国家级重点专科2个（眼科、推拿科）、国家级中医特色优势专科3个（外科、肾病、儿科）、省级重点学科3个（推拿学、中医儿科学、中医妇科学）、省级重点专科3个（针灸科、肛肠科、内分泌科）、省级中医特色专科4个（老年病科、妇科、儿科、心血管科）、省级区域中医诊疗中心2个（眼科、脑病科）、省级中医临床医学中心分中心3个（推拿科、皮肤科、脾胃病科）。
医院不断完善医院管理体系建设，加大医院科研投入力度、强化科研人才队伍建设，加强与云南中医药大学深度合作。2021年我院获得省级项目立项6项目。2022年云南省省级科研项目获得立项10项；云南中医药大学校院基金项目6项（重点项目1项，一般项目5项）。2023年医院组织申报国家自然科学基金地区项目1项，获得云南省中医药应用基础研究计划项目立项13项，立项数量位列云南省第三，云南中医药大学校院基金项目5项（重点项目1项，一般项目4项），云南中医药大学中医药教育及中医药政策研究项目2项。
广州艾力彼GAHA《医院蓝皮书：中国医院竞争力报告（2023）》的“2022年中医医院500强”中，昭通市中医院位列全国146名，位列云南省第3。
2022年全国三级公立中医医院绩效考核A等次，排名114。