云南中医药大学建于1960年，是全国第二批建立的高等中医药院校。基础医学院是云南中医药大学下设的二级教学科研单位，办学历史悠久，名医辈出，涌现过一大批在我省乃至全国都有一定学术影响的专家，如吴佩衡、诸葛连祥、苏涟、孟如等。学院独立承担中西医临床医学专业建设（5年一贯制）。学院现有中医学（1005）、中西医结合（1006）两个一级学科，其中中医学（1005）覆盖5个二级学科:中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中医诊断学；中西医结合（1006）覆盖3个二级学科:中西医结合基础、中西医结合临床、中医免疫学，均为学术型。2022年中西医结合基础列入云南省立项建设博士学位授权点。
学院内设6个职能办公室，即综合办公室、教学管理办公室、本科实验平台管理办公室、科研与学科管理办公室、学生工作办公室、团委；有11个教研室，即中医基础理论教研室、中医诊断学教研室、方剂学教研室、中医医史文献教研室、中医临床基础教研室、人体解剖与组织胚胎学教研室、生理学教研室、病理学教研室、生物化学与分子生物学教研室、病原生物学与免疫学教研室、医学生物学与统计学教研室；5个教学实验中心，即机能实验教学中心、形态学实验教学中心、生物化学与分子生物学实验教学中心、医学生物学与免疫学实验教学中心、中医综合实验教学中心；以及5个科研实验平台。学院经过60余年的学术积淀，优秀师资丰富、教学基础完善、重点学科优势突出、科研教学成果显著，为国家和社会培养了一大批中医功底深厚、学术经验丰富、临床技能高超的中医应用型高层次人才。
学院师资力量雄厚，现有教职员工125人，其中专任教师117人，具有高级职称58人；有博士学位46人，硕士学位61人；有博士生导师4人，硕士生导师53人。拥有全国高等中医药学校教学名师、云岭教学名师1人，国家中医优才2人，云南省中医药领军人才1人、学科带头人2人，云南省教学名师3人、名师工作室3个，云南省兴滇英才支持计划名医1人、青年人才8人，云南省优青1人，云南省中青年学术和技术带头人2人、后备人才3人，云南省优秀教师3人、骨干教师11人，云南省名中医4人、优秀青年中医5人，云南师德标兵1人，云南省教学团队2个。
学院教学资源丰富，负责承办中西医临床医学本科专业，同时承担着全校中医学、中药学、针灸推拿学、康复学、护理学等20余个本科专业的中医基础课程群和西医基础课程群的理论及实验教学任务。此外，学院还负责承担中医学一级学科下中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中医诊断学等5个二级学科学位授权点的建设任务和硕士研究生培养工作。学院有1项国家级虚拟仿真实验教学项目，7门省级精品课程、1门省级精品视频公开课、5门省级一流课程、3门省级研究生优质课程；1个云南省实验教学示范中心；参与主编、副主编、编委国家级规划教材90余部。荣获省级教学成果奖一等奖2项、二等奖3项。学院积极创新实践育人途径，努力提升育人工作成效。近三年来本科生荣获中国“互联网+”大学生创新创业大赛、全国大学生基础医学创新研究大赛等多项国家级、省级比赛奖项；硕士研究生主持三十余项厅级科研项目，发表多篇高影响因子论文。多位硕士研究生通过“申请-审核制”进入国内知名高校继续读博深造。
学院坚持以学科建设为龙头，不断加强内涵建设。负责牵头建设的中西医结合一级学科是国家中医药管理局“十二五”重点建设学科、云南省“十二五”优势特色建设学科，2016年入选云南省“十三五”一流学科A类高原学科。该学科于2000年获得中西医结合临床硕士学位授权，2003年获中西医结合基础硕士学位授权，2022年列入云南省立项建设博士学位授权点。
学院科研实力雄厚，有4个省部级重点学科，1个省级重点实验室、4个院士专家工作站、1个云南省科技创新团队，1个兴滇英才团队，4个云南省高校重点实验室，荣获省部级科技成果奖6项。在研厅级以上科研项目共91项，其中国家级项目23项，省部级项目54项，厅局级项目14项，科研经费达2000余万元。
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