第二临床医学院（针灸推拿康复学院 第二附属医院）承办针灸推拿学、康复治疗学、中医康复学和中医养生学四个专业。针灸推拿学专业1985年开始招生，为云南省省级一流专业、云南省省级特色建设专业、云南省省级综合改革试点专业；康复治疗学专业2012年开始招生，为云南省省级一流专业；中医康复学和中医养生学专业2018年开始招生，为校级一流专业。推拿学为国家“十二五”中医药重点学科，针灸学为云南省省级重点学科。针灸推拿学专业2000年获批硕士学位授权点，2018年获批博士学位授权点。中西医结合康复学专业2015年获批硕士学位授权点。
2020年7月，针灸推拿康复学院与第二附属医院“院院合一”，成立第二临床医学院，医院党委下设4个党总支、28个党支部，现有20个职能科室、24个临床医技医辅科室，14个教研室和1个针灸推拿康复研究所。
现有职工524人，正高17人，副高76人，博士19人，硕士110人，博士生导师1人，硕士生导师17人。拥有全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师2人，享受云南省特殊津贴专家1人，云南省有突出贡献优秀专业技术人才1人，全国中医优秀临床人才1人，云南省名中医4人，省级名老中医药专家师带徒指导老师1人 ，“兴滇英才支持计划”名医3人，“兴滇英才支持计划”青年人才4人，云南省中青年学术和技术带头人后备人才1人，云南省卫健委高层次中医药学科带头人3人、后备人才5人。临床带教教师结构合理，实践教学能力强。
目前承办针灸推拿学、康复治疗学、中医康复学和中医养生学四个本科专业，针灸推拿学专业1985年开始招生，为云南省省级一流专业、云南省省级特色建设专业、云南省省级综合改革试点专业；康复治疗学专业2012年开始招生，为云南省省级一流专业；中医康复学和中医养生学专业2018年开始招生，为校级一流专业；中医康复学、中西医结合脑病学是云南省中医临床重点学科建设项目；借助云南省高校针灸推拿防治脑病重点实验室、云南省高校针灸防治神志病创新团队、云南省科技厅朱勉生专家工作站和梁繁荣专家工作站等科研平台，近5年获得国家自然科学基金项目11项，省部级项目23项，形成了医教研协同，本、硕、博联动的人才培养体系。目前学院获研究生导师团队省级立项1项、校级立项2项；获研究生优质课程省级立项2项、校级立项2项；获专业型硕士研究生教学案例库校级立项1项。
学院教育教学改革成效显著，申报教学成果多样，共获得校级教学成果一等奖2项，二等奖4项，三等奖4项；教材编著：主编1本，副主编3本，编委18本，发表教学论文15篇；现有校级教育教学改革项目4项，省级一流课程4门，校级一流课程十余门。
近三年教师主持国家级科研基金项目7项，省级及厅局级科研项目30余项，科研经费达900余万元；在SCI源、中文核心、科技核心及省级杂志发表论文180余篇；科研成果奖励6项（含一项云南省科技进步二等奖），发明专利3项，实用新型专利20余项，转化1项。
为不断提升教学质量，我院积极探索以培养学生综合素质、创新能力及临床运用能力为目标的实验教学模式，有效利用学生课余空闲时间，建立“课上与课下相联系”、“理论与实践相联系”、“实践与临床相联系”3个层次的教学体系。近年来，我院师生在全国各类比赛中取得了优异的成绩： 2018年在全国中医药院校针灸推拿临床技能大赛中荣获团体二等奖；第二届全国高校教师教学创新大赛刘海静团队获云南赛区三等奖；云南中医学院第三届临床实践教学基地教师教学能力大赛张黎获三等奖；云南中医药大学第四届临床实践教学基地教师教学能力大赛韦熙获三等奖；姜云武教授教师团队、汤滴微讲师教师团队分别获2022年云南中医药大学第十一届教师教学能力竞赛正高组及中职组三等奖；陈祖琨教授、金亚菊副教授等人的《康复治疗学专业“1+1+3”本科实践教学体系的构建与应用》获校级教学成果奖二等奖；2023年华佗杯全国高等院校针灸推拿临床技能大赛中获得团体一等奖等18个奖项；2023年“瑞医杯”中华中医药学会青年医师急救技能学术交流活动，云南省代表队获得团体第三名的优异成绩；2023年昆明市职业技能竞赛：小儿推拿赛项中1人获金奖、2人获银奖、3人获铜奖；中医针灸赛项中1人荣获此次竞赛“中医针灸”技术状元，1人获得“中医针灸”优秀技术标兵。学生创新创业项目获各级各类立项30余人次，“心手相望”创新创业团队在首届全国康复医学创新创业大赛中荣获全国第五名及“网友最喜欢的创业项目奖”；学生“手指肌力分层训练仪”已获得国家专利。
繁荣校园文化，结合专业特色，打造“一院一品”特色活动。举办“针康文化节”系列活动，活动包括学院针灸推拿康复临床技能大赛、“针康文化节”晚会、趣味运动会、文明宿舍评比活动、书画展比赛、主题演讲比赛、歌唱比赛等集思想政治教育、师生交流、文化活动于一体的校园活动。学院艺术团多次参与校园两级文艺演出和比赛，近三年均获得校级“啦啦操”比赛和“佩兰杯”舞蹈大赛奖项。
近5年研究生就业率均为100%。