云南中医药大学是全国第二批成立的中医药高等院校，中药学院沿革于1977年成立的中药系，1977年招收第一届中药学专业本科学生，1986年获中药学硕士授权资格开始中药学类硕士研究生教育，2006年获生药学硕士授权资格开始药学类硕士研究生教育。我院是云南省内最早开展中药学本科和硕士研究生教育的学院，经过长期发展已成为立足云南，面向全国，辐射南亚东南亚国家，培养中医药高级人才的重要基地。
在2011年底，根据当时办学需要，原中药学院曾分拆为中药学院和药学院，还有部分内设机构划归到实验中心、基础医学院等部门。在2015年底，为适应云南省生物医药和大健康支柱产业发展需要，分设的药学院、中药学院，以及与药学研究领域相关的科研平台又重新整合，合并成立了新的中药学院。中药学院是承担我校中药类、药学类、制药工程类、食品科学类专业办学、研究生培养、学科建设、科技平台建设、社会科技服务和中医药文化传承的核心力量。
随着国家学位制度改革和研究生培养转型工作深化，在2010年以后，我院中药学、药学均已发展成为硕士学位（学术型）授权一级学科，具有下属所有二级学科（专业）招生资格。为拓展专业应用型高级技术人才培养，我院申报并获得中药学、药学、生物与医药硕士专业学位（专业型）授权资格，开始硕士专业学位研究生培养。2021年中药学学术博士学位、生物与医药专业博士学位获批成为省级立项建设博士学位授权点，2022 年中药学学科获省级一流学科立项建设。
目前，我院承办的中药学、药学2个一级学科硕士学位授权点以及中药学、药学、生物与医药3个专业硕士学位授权点年招生规模约200余人，主要招收医药学类、化学类、生物学类的大学本科毕业生。
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高水平的师资队伍是人才培养的基石，我院高度重视师资队伍建设，尤其是高水平学术技术带头人、双师双能型教师、优秀青年博士的培养和引进工作。经过长期发展，我院拥有一支学风端正、师德高尚，学术水平高、专业技术强，在社会行业具有影响力的师资队伍。
学院现有在编教职员工154人，具有高级职称100人，博士学位75人。我院实施人才强院战略，聚集了一批在国内外具有影响力的知名专家学者以及省级优秀中青年学术技术带头人、学科带头人等医药领域高端人才。目前拥有云南省黄大年式教学团队1个，云南省特殊津贴与突出贡献专家6人，云南省教学名师5人、云岭学者2人、省技术创新人才4人、省产业技术领军人才2人、省中医药领军人才2人、省中医药学科带头人2人、省中青年学术和技术带头人5人、省兴滇人才青年拔尖人才23人。此外，还从中国科学院系统、中国医学科学院系统、中国中医科学院系统、军事科学研究院系统、云南白药集团、中国中药集团等行业主流研发机构、骨干企业聘请了孙汉董院士、黄璐琦院士、朱兆云主任药师、郝小江研究员、裴盛基研究员、肖晓河研究员、杨洪军研究员等国内外知名专家担任名誉教授、客座教授或兼职硕士研究生导师。
目前，我院中药学、药学两个一级学科硕士学位点，中药学、药学、生物与医药两个硕士专业学位点共有硕士研究生导师355人，其中有校内导师145人，校外兼职导师210人。校外兼职导师主要集中在中国科学院昆明植物研究所、中国中医科学院中药研究所、中国医学科学院药用植物研究所、军事医学科学院毒物药物研究所、云南省药物研究所、云南省食品药品检验所、云南白药集团、昆药集团等国内知名科研机构和行业骨干企业。
我院硕士研究生导师行业单位分布较广，优秀导师资源丰富，结构合理、实力强劲，为我院硕士研究生培养提供了良好的人才成长条件。导师所在单位和部门的科研平台基础和仪器设备好、承担的科研项目层次高、拥有的科研经费充足，能为研究生的学习和论文研究以及就业等提供保障。
我院硕士研究生年招生规模约200人，通过全国硕士研究生统一考试招收，也接受部分推荐免试应届毕业生。我院硕士研究生主要招收医药学类、化学类、生物学类的大学本科毕业生。研究生通过初试、复试等程序录取后，实行“学生-导师”双向选择的办法确定研究生的指导教师。
中药学硕士点按一级学科大类招生，入学后根据“学生-导师”双向选择的模式确定研究方向；药学硕士点按二级学科（专业）分类招生。中药学、药学、生物与医药硕士专业学位点均按照大类招生，入学后根据“学生-导师”双向选择确定研究方向。研究生在校期间，通过课程学习、学术交流、技术实训、论文研究等工作，能较为系统的掌握本专业的基础理论、专业知识和相关工作技能，熟悉学科发展动态，具备承担相关专业教学、研发、生产、管理等工作的能力。
我院硕士研究生毕业后，有部分选择继续深造到国内外攻读博士学位，直接就业的研究生主要进入药品监管、质量检验、研究机构、医疗单位、制药企业、医药类院校等单位从事药品监督管理、资源开发、药事服务、药物研发、药品生产、质量控制、技术管理等工作。也有相当比例的毕业生进入保健食品、功能性日化产业、健康管理服务、医疗保险等大健康领域。我院硕士研究生毕业生的就业率在毕业阶段的统计一直保持在90%以上。
学科建设是我院学术发展的龙头，经过长期努力，我院重点学科建设取得丰硕成果，目前有省部级重点学科5个：
1．中药学：是一级学科硕士授权学科，云南省立项建设的博士学位授予学科，目前招收学术型硕士研究生的主要研究方向有中药资源开发与利用、中药化学、临床中药学、中药药理与应用、中药有效成分活性及机制、中药药剂学、民族药研究等；招收专业型硕士研究生的主要研究方向有中药质量标准与控制、中药制剂工艺与生产、中药优良种源选育等。
2．药学：是一级学科硕士授权学科，云南省优势特色重点学科，目前招收学术型硕士研究生的主要二级学科（专业）有药物化学、药物分析学、生药学、药剂学、药理学；招收专业型硕士研究生的主要研究方向有临床应用药学、药物资源开发与利用、现代制药技术、药物分析与检验等。
3．彝药学：是国家中医药管理局重点学科，主要开展彝族医药理论体系、物质基础、活性作用、资源开发等工作。
4．临床中药学：是国家中医药管理局重点学科、云南省重点学科，主要开展云南道地药材干预代谢性疾病研究、云南道地药材合理应用研究方向 、中医治法与中药药效关系研究。
5．实用中药学：是云南省重点学科，主要开展中药新制剂研究、药用植物种质资源研究、中药质量标准研究和中药标准物质分离研究、中药先进提取技术开发及应用研究。
目前，学院建有中管局三级实验室、云南省南药可持续利用重点实验室等省部级科研实验平台，团队、院士专家工作站等21个，中央财政专项资金支持的制药工程训练中心1个，教育厅和昆明市科研平台8个，与省内外研究机构、知名药企等共建实践教学基地52个；教学、科研实验室8500余平米。近5年教师主持省部级及以上科研项目209项，其中国家级项目64项，省部级重大重点项目55项，科研经费突破1亿元；教师发表科研论文588篇，其中SCI、EI 论文244篇；获授权专利62项。
1．云南省民族特色养生理论与健康产品工程实验室：是通过云南省发展改革委员会认定的省级工程实验室。主要开展云南地方民族特色养生文化、保健方法、特色药食资源挖掘整理，健康产品加工关键技术开发、相关产品开发等工作。
目前，该工程实验室建设有包括模拟GMP条件的药品生产中试车间900平方米，模拟保健食品GMP条件的食品生产中试车间500平方米，具备药品、保健食品、功能性日化产品研发和成果转化实施的基本条件和相关的学术技术力量。
2．云南省道地濒危中药材繁育与栽培工程技术研究中心：是通过云南省科技厅认定的省级工程技术研究中心。主要开展道地濒危中药材资源保护、种苗繁殖、栽培等关键技术和工程化集成工作。
目前，该工程技术研究中心建设有500平方米的种苗繁殖实验室、500平方米的组织培养室及栽培温室600平方米。建设有中药材栽培示范基地多个。具备中药材繁育、栽培及开发和成果转化实施的基本条件和相关的学术技术力量。
3．云南省中药民族药饮片开发与质量检测公共科技服务平台：主要面向云南医药企事业单位和医疗机构，提供中药民族药及饮片产品开发、质量标准检测等技术服务、技术支持、技术咨询与交流、人才培养等。目前平台已经具备中药民族药饮片开发、专有设备开发、质量检验检测和一定的技术交流服务功能。
4．南药协同创新中心：是云南省高等学校协同创新中心。汇聚学校的优势学科、团队和平台资源，与广州中医药大学、中国科学院昆明植物研究所、云南白药集团等多家单位形成了政、产、学、研结合的协同体，构建南药种植、研发、生产、销售的产业链，有利于发挥协同创新优势，加强科技成果转化，推进学校创新驱动发展。
5．云南省中医药特色健康产品研发协同创新中心：经云南省教育厅、云南省财政厅组织评审后，被列为第三批省级协同创新中心。中心依托中医药治未病等养生、康复理论和经验，将研究成果等转化成产品，为实现健康产业大众创业、万众创新提供研究、学习、培训、实践以及创业的协同创新平台。
6．国家中管局中医药科研三级实验室：是通过中管局中医药科研实验室（三级）评估工作的实验室。主要开展中药调节代谢相关研究、中药物质基础相关研究、中药免疫调节相关研究、中药安全性相关研究。
7．云南省高校天然药物活性成分与功能重点实验室：是通过云南省教育厅认定的高校科技平台。主要开展天然药物有效成分的系统研究、建立天然药物成分数据库以及云南地方民族特色天然药物成分主要功能作用和机制研究等工作。
8．云南省高校中药材优良种苗繁育工程中心：是通过云南省科技厅认定的高校科技平台。主要开展中药材道地性研究、中药材繁殖能力和优良种苗快繁技术研究、中药生物工程等研究
9. 云南省高校民族药保护与鉴定工程技术研究中心：是通过云南省教育厅立项建设的高校科技平台。主要开展民族药种质资源调查、保护、鉴定、评价及应用的系统研究工作。
10．云南省高校民族药质量标准研究重点实验室: 经云南省教育厅立项建设的高校重点实验室，开展有效物质基础研究、活性与毒性评价、质量和质量标准研究，制定更为客观、科学、可控的中药民族药质量标准研究工作。
11．昆明市民族医药资源研究重点实验室：为昆明市立项建设的科技平台。主要开展我省特色优势民族医药文化调研、资源保护与合理开发、相关产品技术研发等工作。
12．昆明市中药材繁育与鉴定工程研究中心：是通过昆明市立项建设的科技平台。主要开展昆明市中药材繁育技术创新、真伪和品质鉴定评价，及其应用开发等工程化技术研究工作。
13．昆明市中药材健康产品研发协同创新中心：为昆明市立项建设的协同创新中心。主要开展以特色优势中药材为主要原料的健康产品研发，产业转化关键技术开发，生物医药和大健康产业中小企业科技支撑服务等工作。
14．云南中医学院-云南白药集团联合创新平台：是我院和云南白药集团联合共建的药学科技平台。主要开展现代化学药物、中药材健康产品等研究与开发工作。
我院上述科技平台拥有的实验室（中试车间）共16000多平方米，仪器设备总值超过8000万元。其中，有超导核磁共振波谱仪、液相色谱-质谱联用仪等单价超过100万元的大型仪器设备共7套（台）；气相色谱-质谱联用仪、流式细胞仪、超高效液相色谱、中药提取机组、实时荧光PCR等单价超过50万元的仪器设备共17套（台）；高效液相色谱、大型旋转蒸发仪、倒置显微镜、软胶囊生产机组、中型冷冻干燥机组、冷冻切片机等单价超过20万元的仪器设备130余套（台）。
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